半滑舌鳎基因组精细图谱构建及性别特异基因筛选

• 作 者: 陈松林;
• 机 构: 中国水产科学研究院黄海水产研究所水产基因组与细胞工程研究室
• 出 处: 第七次全国动物生物技术学术研讨会暨新疆畜牧科学院第六次学术年会
• 发表日期: 2013年期

本文利用新一代测序技术完成了半滑舌蝎全基因组测序。基因组大小约为520Mb。采用3种基因预测方法预测半滑舌蝎基因数量为20,834，平均每个基因的编码区长度为1,535bp，平均每个基因含有9个外显子。采用新一代RAD-seq技术构建了半滑舌蝎高密度SNP遗传连锁图谱。父本和母本测序深度分别为16.8X和15.1X，基因组覆盖度达到92.8％和94.9%，筛选获得拟测交SNP位点894,373个，其中父本杂合位点407,084，母本杂合位点397,300，双亲杂合位点89,989，基因组覆盖度分别达到96.2%、96.4%和95.3%。对F1群体216个子代进行RAD测序，测序深度为0.4X。利用两个亲本全基因组重测序SNP信息以及F1群体后代216个个体的RAD-tag信息，从而得到后代个体的基因型数据，选择其中的3528个标记，构建了半滑舌蝎SNP高密度遗传连锁图谱，LOD阂值为10，构建了22个连锁群(常染色体20个，性染色体2个)，平均每个连锁群含有160个标记，标记间平均距离为0.568cM覆盖基因组422Mb。利用高密度遗传连锁图谱构建了半滑丙塌染色体基因组图谱。采用BAC克隆构建了半滑舌蝎物理图谱，将30294个BAC克隆组装成1485个Contig，其平均大小达到537kb.从W染色体序列上筛选到一些雌性特异基因，采用FISH技术将这些雌性特异基因定位在W染色体上，同时进行了这些雌性基因在不同组织和不同发育时期的表达分析、重组表达及其表达产物注射后对半滑舌蝎鱼苗性别相关基因的影响。