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华贵栉孔扇贝是我国南方主要的海水养殖贝类之一。本研究利用10对华贵栉孔扇贝微卫星引物，对采自中国华南沿海地区的一个野生群体(海南陵水群体：HNLS)和四个养殖群体(福建东山群体：FJDS，广东深圳南澳群体：SZNA，广东汕头南澳群体：STNA，广西钦州湾群体：GXQZ)进行了群体遗传结构分析。10对微卫星在5个群体中都表现为多态，一共扩增得到83个等位基因，平均每群体等位基因数目范围为10.2到14个，各位点的等位基因频率分布在5个群体间差别较大。等位基因数、基因丰富度、观测杂合度、期望杂合度等遗传多样性指数估算发现，HNLS野生群体和四个养殖群体都具有较高的遗传多样性。