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为了解上海和青岛城市生活污水中隐孢子虫基因型和基因亚型的分布以及隐孢子虫病在当地的传播动态，我们于2006年12月到2007年4月和2008年5月到7月分别采集上海四个和青岛五个生活污水处理厂中未经处理的生活污水进行研究。采用基于SSU rRNA基因的PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)的方法来确定隐孢子虫的基因型，并进一步对gp60基因进行PCR和测序确定隐孢子虫基因亚型。在所研究的上海90个样品中，63个为隐孢子虫阳性样本，其中10个样品为混合感染。59个样品(93.7％)中合有人隐孢子虫，另外还发现其它8个隐孢子虫虫种/基因型。对59个人隐孢子虫阳性样品中的47个成功进行了基因亚型鉴定，其中29个属于Ib亚型家族，其余的属于Ia，Id，Ie和If亚型家族。三个Ib亚型经鉴定分别为IbA19G2，IbA20G2和IbA21G2，它们与在世界上其它地区所发现的两个普遍存在的Ib亚型(IbA9G3和Ib10G2)有很大不同。同样，Ie亚型IeA12G3T3也不同于常见的IeA11G3T3亚型。青岛地区的结果与上海地区明显不同。在所研究的109个青岛样品中，75个为隐孢子虫阳性样本，其中混合感染情况明显(29)。60个(80.0％)和10个(13.3％)样品中分别含有鼠隐孢子虫和隐孢子虫大鼠基因型。在其它6个隐孢子虫虫种/基因型中可以感染人的虫种所占比例较低，分别为火鸡隐孢子虫(12.0％)和微小隐孢子虫(6.7％)。结果表明在青岛污水处理管道中鼠分布较多，由于它们分泌的隐孢子虫量大，掩盖了感染人的隐孢子虫虫种/基因型的检测。因此在人口集中、动物分布较少的地区对城市生活污水中病原体的研究可以帮助我们快速了解某疾病在当地人群中的流行动态。多种亚型家族和少见的Ib，Ie乖If亚型在上海地区的存在表明隐孢子虫在上海地区的传播可能和在其它地区的传播有明显不同。