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理想的药物应有特异的药效学，合理的药代动力学，良好的药学性质，尽可能低的不良反应，这些寓于在药物的化学结构之中。以理性的策略和科学的规划，构建具有预期药理活性的新化学实体，是新药创制的必由之路。药物分子设计是个庞大复杂的系统工程，本文简要概述了设计的分子结构体现在全价值链的要求以及分子结构的多样性、互补性和相似性，构成了药物分子设计的策略基础两个方面。