MPI+OpenMP在生物序列拼接算法phrap并行化中的应用

来源 :2002年全国计算机体系结构学术会议 | 被引量 : 0次 | 上传用户：yeshen

【摘要】

：

生物序列拼接问题,是生物信息学中的关键问题之一.phrap算法是目前最常用的拼接算法,然而phrap算法的运行时间以及对内存空间的庞大需求,已成为生物数据处理的瓶颈.针对这一

【作者】

：

张法刘玮陈子阳

【机构】

：

中国科学院计算技术研究所(北京)

【出处】

：

2002年全国计算机体系结构学术会议

【发表日期】

：

2002年期

【关键词】

：

生物序列拼接算法并行化生物信息学并行计算机运行时间数据处理拼接问题内存空间并行策略

下载到本地 , 更方便阅读

下载此文赞助VIP

声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架

论文部分内容阅读

生物序列拼接问题,是生物信息学中的关键问题之一.phrap算法是目前最常用的拼接算法,然而phrap算法的运行时间以及对内存空间的庞大需求,已成为生物数据处理的瓶颈.针对这一问题,本文分别对phrap算法的3个步骤提出了不同的并行策略,并且利用MPI和OpenMP在曙光3000并行计算机上实现了phrap的并行化,获得了较好的结果.

其他文献

浅析当前中小企业人力资源管理外包的必要性分析

我国中小企业的迅速发展以及外部环境的快速变化,迫切需要一个行之有效的人力资源规划,并以优势的管理方式,为本企业吸引优势人才,并使其为企业利益最大化倾力而为,人力资源

期刊

中小企业人力资源管理外包

等离子彩电维修问答

问1:等离子彩电维修应具备哪些条件?答:1.维修人员应具备的条件维修人员应具备电子技术基础知识,对电视机有清晰完整的概念,并有一定的电视机维修实践经验,对电子电路中的常

期刊

等离子彩电电子技术基础电子电路晶体管螺钉旋具元器件印制电路板热熔胶枪万用表指针式万用表

一种用于双模冗余系统的健壮故障安全接口

迄今为止所提出的大多数故障安全系统是由一个三模或双模冗余结构级联一个故障安全接口所构成的.为使得整个故障安全系统具有并发差错检测和定位能力,有一些系统使用了自校验

会议

高性能动态二进制翻译处理器结构研究

多发射超标量处理器体系结构在过去的十几年中获得了巨大的成功,而它带来的巨大的设计复杂性正逐渐成为处理器性能提高的障碍.超长指令字VLIW可能成为未来的主流处理器体系结

会议

快速双精度浮点乘法器的流水实现

本文详细地介绍了双精度浮点乘法器的一种流水线实现方案.讨论了流水线的结构、部分积的产生及乘法阵列的结构.

会议

双精度流水线浮点乘法器结构乘法阵列部分积

高清晰度数字电视MPEG-2芯片测试方法设计

随着数字信息技术和超大规模电路设计制造技术的迅速发展,集诸多功能于一身的高性能MPEG-2编解码芯片不断涌现.但是此类芯片的测试技术仍处在研究和发展之中.本论文从介绍高

会议

高清晰度数字电视芯片测试测试数据测试技术数字信息技术数据格式转换设计制造技术大规模电路编解码芯片压缩技术功能分析高性能多功能论文基础

一种提高系统性能的网络内存技术

高可用性和高效率是计算机系统研究的重点,但由于当前计算机存储体系层次发展的非均衡性,此二者在许多情况下存在着相互制约的关系.我们针对目前网络带宽和传输速率的飞速提

会议

海安广电数据网络升级改造方案

本文介绍了海安广电数据网络的现状和业务需求,在此基础上提出了核心层和传输层的扁平化改造方案。特别是传输层采用双星加环形的光纤结构,能够以一张光缆网同时满足数字电视

期刊

安广网络升级光纤结构数字电视数据网络电子政务光传送网中心机房光缆网络GPON

下一代互联网络体系结构

顾氏网络能实现芯片间总线、印刷板级总线、局域网、广域网的大统一:从MAC层实现网络阻塞控制,实现网络的QoS功能,保证网络的服务质量;支持具有QoS功能的路由交换;从网络的MA

会议

一个容错实时调度算法模拟器

容错实时调度算法是实时系统可靠性研究的热点问题.调度算法模拟器用于对调度算法的正确性和性能进行分析和比较,为调度算法的改进和应用提供支持.本文综述了当前实时调度算

会议

容错实时调度算法模拟器可靠性研究改进和应用实时系统设计思想热点问题模拟调度行算法综述性能描述结构概况方法

MPI+OpenMP在生物序列拼接算法phrap并行化中的应用

其他学术论文