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水库建设和调度对流域生态环境影响问题一直是生态保护和河流管理的热点。漳卫南运河是我国典型的北方河流，在海河流域极具代表性。本文通过对漳卫南运河内水库建设和调度历史的调查和分析，从生态保护角度对其影响进行探讨，发现水库建设影响对流域生态环境影响随着时间推移而减弱，河流逐渐达到新的平衡，而水库调度运用管理是河流生态环境影响的主要因素，加强水库建设规划和调度运用中的生态保护应该是改善流域水生态保护的重点。