【摘 要】
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利用已发布的大麦白粉菌EST数据库中的SSR重复序列,开发可用于小麦白粉菌的EST-SSR分子标记,为小麦白粉菌的群体遗传学、分子生物学、分子流行学研究奠定基础.从NCBI公共
【机 构】
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中国农业科学院植物保护研究所,植物病虫害生物学国家重点实验室,北京 100193
【出 处】
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中国植物保护学会2011年学术年会
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利用已发布的大麦白粉菌EST数据库中的SSR重复序列,开发可用于小麦白粉菌的EST-SSR分子标记,为小麦白粉菌的群体遗传学、分子生物学、分子流行学研究奠定基础.从NCBI公共数据库中随机抽取18 296条大麦白粉菌表达序列标签(expressed sequence tag,EST),应用SSRIT软件进行序列搜索.搜索标准为二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复序列,最少重复次数分别为六次、四次、三次、三次、三次.共获得896条具微卫星序列的大麦白粉菌EST序列,其中包括二核苷酸重复80条(8.93％),三核苷酸重复280条(31.25％),四核苷酸重复462条(51.56％),五核苷酸重复45条(5.02％),六核苷酸重复29条(3.24％).其中四核苷酸重复和三核苷酸重复占所获得的重复序列最多,占所获重复序列的80％以上.四核苷酸重复中以gtat为最多,含238个,占四核苷酸重复总数的51.52％.三核苷酸重复最多的是gat重复,达48个,占总三核苷酸重复数的17.14％.挑选其中的60条序列设计SSR引物,选用6个经单孢子堆纯化的小麦白粉菌菌株DNA对所设计的引物进行检测,琼脂糖凝胶电泳结果表明所有设计的引物都可以得到预测大小的条带.正在对可能具有位点多态性的40对引物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳分析.
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