【摘 要】
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EST-SSR是基于功能基因组开发的分子标记,由于其在基因组中广泛均匀分布,较好的种属通用性及与表型性状相关联等优点而得到广泛应用.本研究通过下载数据库中蔷薇科蔷薇属,苹果属,梨属,李属,草莓属和悬钩子属的EST序列,运用生物信息学的方法,调查六个属中SSR的分布规律及特点.结果表明蔷薇科六个属间SSR分布频率差别较大,从悬钩子属的10.94％到梨属的43.49％.二碱基和三碱基重复类型在六个属中
【机 构】
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南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,江苏南京210037 南京林业大学森林资源
【出 处】
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中国林学会树木学分会第十六届学术年会
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EST-SSR是基于功能基因组开发的分子标记,由于其在基因组中广泛均匀分布,较好的种属通用性及与表型性状相关联等优点而得到广泛应用.本研究通过下载数据库中蔷薇科蔷薇属,苹果属,梨属,李属,草莓属和悬钩子属的EST序列,运用生物信息学的方法,调查六个属中SSR的分布规律及特点.结果表明蔷薇科六个属间SSR分布频率差别较大,从悬钩子属的10.94％到梨属的43.49％.二碱基和三碱基重复类型在六个属中占据优势,其中二碱基重复类型主要为AG/CT、GA/TC及AT/TA,而三碱基重复类型在六个属中差异较大,优势类型主要为AGA/TCT、GAA/TTC和AAG/CTT及CAC/GTG和ACA/TGT等类型,显示出属间特异性.该结果对于研究蔷薇科植物的分子系统发育与进化,种质资源鉴定,遗传多样性以及遗传作图提供了研究平台.
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