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专利权是根据专利法所授予的一种排他实施权。专利保护客体简单地说就是什么样的专利申请能够纳入到专利保护体系之内。总体上看，基本所有建立专利制度的国家都将专利保护客体限制在能够解决技术问题的技术方案上，另外，出于国家利益和公共利益的考虑，一般都还在此基础上排除了违反国家法律、社会公德或者妨害公共利益的某些内容。从专利制度诞生时起，专利保护客体的范围一直在发生变化。近年来，随着知识经济的蓬勃发展，科学技术以前所未有的巨大魅力冲击着人们的生活。信息技术和生物技术所代表的高科技的专利申请大量涌入到各国的专利局。但是，在商业方法和基因技术是否应当予以专利保护的问题上，一直存在着巨大的争议，专利制度适合于用来保护商业方法和基因技术吗？ 本文首先通过回顾对商业方法可专利性认识的变化和对基因技术可专利性的认识变化，从伦理道德和公序良俗、公共利益、发明与发现、技术与非技术四个方面讨论了商业方法和基因技术寻求专利保护引发的巨大争议，其中伦理道德和公序良俗、发明与发现的争论主要集中在基因技术领域，技术与非技术的争论主要集中在商业方法领域，同时这两个领域的专利申请都涉及公共利益的问题。在此基础上，排除了商业方法专利申请和基因技术专利申请在具体技术问题上的差异，从这两个领域专利申请的共性入手，以专利法的宗旨为视角，在更深层次上通过对商业方法和基因技术进行专利保护所产生的矛盾的分析及对商业方法和基因技术进行专利保护是否符合专利法的宗旨的分析，挖掘专利制度能否用于保护商业方法和基因技术的问题所在，指出所有这些争论的背后其实都是人们对专利制度是否能在创新者的利益和社会公众利益之间保持平衡的担忧。因此，对于解决上述四个方面的矛盾来说，更重要的是如何做好利益衡量，协调各个利益主体的利益关系，得到利益状态的合理分配，从而在鼓励创新的前提下，通过适当的权利限制使知识产品得到更广泛的传播和运用。 这就涉及到专利制度是否适合于保护商业方法和基因技术领域创新成果的第二个问题，也就是专利制度是否有能力来确保二者之间的平衡？专利制度用来实现这种平衡的一个关键的手段是它的审查制度，专利审查制度包括专利审查制度设计和专利审查内容。其中从广义上来说，专利审查制度分成几个阶段:一是发明专利的实质审查阶段，以及驳回后的复审阶段。在这个阶段，由具有专业技术背景的审查员通过检索，评估一项专利申请对现有技术所作出的贡献，并对是否符合专利授权的各项规定进行审查，以此决定是否授予发明专利权。另外，申请人对驳回决定不服的，可以请求复审。二是专利授权公告后(或者授权后)的异议和再审阶段。在此阶段对认为专利授权不符合专利法有关规定的任何人可以提出异议或者再审要求。三是专利授权后的无效程序。专利授权后，任何人认为专利权的授予不符合专利法的有关规定的，可以请求宣告该专利权无效，无效程序是一个双方当事人参加的程序。在专利审查制度中，社会公众有充分的时机来对可能不适当地侵占了公共利益的申请发表意见。另外，专利审查一般是四审或者三审制，司法审查既为当事人提供了救济程序，也对专利审批的公正公平形成了监督。专利审查主要包括根据智力活动规则、发明与发现、公开不充分、新颖性、创造性、实用性、修改超范围、权利要求书获得说明书的支持、以及权利要求保护范围清楚完整等诸多法律条款的审查。本文从专利法的宗旨的角度出发，通过分析各法律条款在保持创新者的利益和社会公众利益之间的平衡方面的作用，重新审视和解读了这些法律条款，以此为基础，对这些条款进行重新整合。指出，智力活动规则、发明与发现、实用性条款的审查其目的在于严格控制对上游智力劳动成果的授权;公开不充分、修改超范围以及权利要求书获得说明书的支持的条款的审查目的在于确保申请人履行充分公开发明专利申请的义务;新颖性和创造性的审查在于严格确保发明创造的创新性;权利要求保护范围的清楚完整的审查在于清楚界定权利的边界，由此将上述诸多条款整合为四大方面。同时本文列举了商业方法和基因技术领域的具体审查案例，从专利法宗旨的角度阐明了这些条款的审查标准在这两个领域的具体适用，以及在适用这些条款时目前已有的专利审查制度以及审查能力建设还存在那些不足。 接下来本文还指出，专利权的限制制度是私利和公共利益之间的一个再平衡机制。并着重论及了为了科学研究和实验目的的合理使用以及强制许可制度。 最后，本文认为，一概将商业方法和基因技术领域的专利申请排除在专利保护之外并不是一个明智的做法。但是在利用专利制度赋予这种保护“特权”的时候，从专利制度宗旨的角度，一方面认真地研究专利审查制度，使之符合商业方法和基因技术领域的专利申请特点，建立有助于公共利益和私权之间的平衡的“准入门槛”，另一方面，用好对专利权的限制制度，使已经归属到私权领域范围内的权利基于公共利益的考虑在适当的条件下仍能够以合理的方式为公众使用。这应当是一个更为重要和现实的课题。